Para la temporada siguiente, asumió como técnico de Liga de Quito el chileno – argentino Claudio Borghi, quien no lo consideró en la pretemporada del 2016. Jonatan faltó a una práctica el 1 de febrero y Borghi no lo dejó ser parte de los entrenamientos. Fichó por Liga Deportiva Universitaria de Quito para la temporada 2015/16, camisetas barcelona como gran objetivo de ganar la Copa Sudamericana. El 30 de septiembre de 2015 en el enfrentamiento de vuelta frente a River Plate, erró un tiro penal, lo que significó su eliminación de la Copa Sudamericana en octavos de final.
