Con Paco Flores como entrenador, el club consigue su tercera Copa del Rey en la temporada 1999-2000, el mismo año de su centenario, en una final disputada contra el Atlético de Madrid (2-1) en el Estadio de Mestalla. A partir de ahí se generó una espiral que desembocó en que un grupo de ultras profirieran cánticos racistas contra Vinicius en los aledaños del estadio.
