No disputar ninguna competición europea ayudaba a la continuidad de un mismo once, pero los cambios que obligaban a Nuno a modificar algunas piezas no daban siempre los resultados esperados. Luego de superar una difícil ronda eliminatoria en la temporada 1999-00 en la cual concluyó con balance de 31 victorias y 31 derrotas, segundo en la División Oriental, y posteriormente en el Round Robin derrotar a Pastora de los Llanos en un juego extra por el pase a la final, Magallanes accedió a una final por décima vez en la historia de la divisa.
