Realizó esta tarea durante dos años, hasta que en noviembre de 1999, tras la marcha de Ronald Koeman, camiseta barça el portugués ocupó su puesto como segundo entrenador del equipo azulgrana. Lorenzo Serra Ferrer asumió la dirección del equipo y prescindió de José Mourinho, que rescindió su contrato con el Barcelona en julio de 2000. El 28 de mayo de 2010, se hizo oficial el fichaje de José Mourinho como primer entrenador del Real Madrid.
